Говкушон мадрасаси сўнгги ўрта асрларнинг дастлабки босқичида, шайбонийлар ҳукмронлиги даврида, XVI асрда бунёд этилган.
Унинг бунёд этилишда ҳар хил ўлчамдаги хом ва пишган ғишт, ёғоч, лой, тош, тунука ва шу каби ашёлардан фойдаланилган. Говкушон мадрасаси ва масжиднинг ўртасидан Шоҳруд ариғи ўтган. Лекин бу ариқ 1930-йилларда кўмилиб кетган. Мадрасанинг шарқий тарафи икки қаватли, ён ва орқа томонида бир қаватли ҳужралар ва мезана мавжуд. Пештоқнинг ғарбидаги равоқ устидаги қаноси ўсимликсимон сиркори нақшлар, китоба қисми эса сулс хати билан безалган. Кираверишда, ўнгда хонақоҳ-масжид (дарсхона) бор. Ўртадаги ҳовли (25×35 м)нинг тўрт томони ҳужралар билан ўралган. Хўжа масжиди кириш пештоқи, ҳовли атрофи ғиштин равоқли айвонлар, хонақоҳ ва минорадан ташкил топган. Минора (19,5 м)га масжид томидаги равоқли кўприк орқали чиқилган. Минора турли шаклдаги ғиштлардан терилган. Нақшлар юқорига томон нозиклаша бориб, фонуснинг равоқли дарчалари билан бирга минорага нафислик бағишлайди. Говкушон мадрасаси Шарқ анъаналарини ўзида мужассамлаштирган, нақшдор, “Чор” услубида ишланган.

Мадрасанинг номи бошқа мадрасалардан тубдан фарқ қилади. Мадраса маҳалла номи билан боғлиқ. Бундан ташқари Говкушон деган қассоблар бозори ва маҳалла бўлган. Мустақиллик йилларигача ва мустақилликдан сўнг меъморий обиданинг таъмир талаб қисмлари қайта тикланди. Мадраса атрофлари кўкаламзорлаштирилди. Чет эл сайёҳлари ва юртимиз зиёратчиларнинг сайилгоҳига айланган.

1997-йилда Бухоро шаҳрининг 2500 йиллиги муносабати билан Бухородаги барча обидалар қаторида Говкушон мадрасаси ҳам қайта таъмирдан чиқди. ЮНEСКО ташкилотининг Бутун Жаҳон ёдгорликлари рўйхатига киритилди. 2000-йил 30-августда “Маданий мерос обйектларини муҳофаза қилиш ва улардан фойдаланиш тўғрисида” қабул қилинган қонунлар меъморий обиданинг ҳуқуқий кафолатидир.