Govkushon madrasasi so‘nggi o‘rta asrlarning dastlabki bosqichida, shayboniylar hukmronligi davrida, XVI asrda bunyod etilgan.
Uning bunyod etilishda har xil o‘lchamdagi xom va pishgan g‘isht, yog‘och, loy, tosh, tunuka va shu kabi ashyolardan foydalanilgan. Govkushon madrasasi va masjidning o‘rtasidan Shohrud arig‘i o‘tgan. Lekin bu ariq 1930-yillarda ko‘milib ketgan. Madrasaning sharqiy tarafi ikki qavatli, yon va orqa tomonida bir qavatli hujralar va mezana mavjud. Peshtoqning g‘arbidagi ravoq ustidagi qanosi o‘simliksimon sirkori naqshlar, kitoba qismi esa suls xati bilan bezalgan. Kiraverishda, o‘ngda xonaqoh-masjid (darsxona) bor. O‘rtadagi hovli (25×35 m)ning to‘rt tomoni hujralar bilan o‘ralgan. Xo‘ja masjidi kirish peshtoqi, hovli atrofi g‘ishtin ravoqli ayvonlar, xonaqoh va minoradan tashkil topgan. Minora (19,5 m)ga masjid tomidagi ravoqli ko‘prik orqali chiqilgan. Minora turli shakldagi g‘ishtlardan terilgan. Naqshlar yuqoriga tomon noziklasha borib, fonusning ravoqli darchalari bilan birga minoraga nafislik bag‘ishlaydi. Govkushon madrasasi Sharq an’analarini o‘zida mujassamlashtirgan, naqshdor, “Chor” uslubida ishlangan.

Madrasaning nomi boshqa madrasalardan tubdan farq qiladi. Madrasa mahalla nomi bilan bog‘liq. Bundan tashqari Govkushon degan qassoblar bozori va mahalla bo‘lgan. Mustaqillik yillarigacha va mustaqillikdan so‘ng me’moriy obidaning ta’mir talab qismlari qayta tiklandi. Madrasa atroflari ko‘kalamzorlashtirildi. Chet el sayyohlari va yurtimiz ziyoratchilarning sayilgohiga aylangan.

1997-yilda Buxoro shahrining 2500 yilligi munosabati bilan Buxorodagi barcha obidalar qatorida Govkushon madrasasi ham qayta ta’mirdan chiqdi. YuNESKO tashkilotining Butun Jahon yodgorliklari ro‘yxatiga kiritildi. 2000-yil 30-avgustda “Madaniy meros obyektlarini muhofaza qilish va ulardan foydalanish to‘g‘risida” qabul qilingan qonunlar me’moriy obidaning huquqiy kafolatidir.