O‘z davrida Marg‘ilon shahrining ko‘rki bo‘lgan Pir Siddiq (Kaptarxona) majmuasi maqbara, masjid, kaptarxona, minora va darvozaxonadan iborat bo‘lgan.

Marg‘ilonda yashab o‘tgan qariyalarning aytishlaricha, majmuada birinchi bo‘lib Muhammad Payg‘ambarning yaqin do‘sti bo‘lgan, islom targ‘ibotchisi - Siddiq dafn etilgan sag‘ana ustiga maqbara qurilgan. Shu sababli bu maqbara “Pir Siddiq” maqbarasi degan nom olgan. Davrlar o‘tishi bilan maqbaraning atrofida masjid, darvozaxona, kaptarxona, minora kabi binolar qurilib, yaxlit bir me’moriy majmua paydo bo‘lgan. Me’moriy tuzilishiga ko‘ra, majmuadagi masjid binosining qurilishi taxminan XIX asrning ikkinchi yarmiga to‘g‘ri keladi.

Marg‘ilonliklar orasida “Pir Siddiq” maqbarasi nomi bilan bog‘liq quyidagicha afsona ham mavjud. Unga ko‘ra, bir kuni avliyo Pir Siddiq uni ta’qib qilayotgan dushmanlardan qochib, bir g‘orning ichiga yashirinadi. Shunda kaptarlar bu g‘orning og‘ziga o‘z inlarini qurib, g‘orga kiradigan yo‘lni yopadilar. Pir Siddiqni ta’qib qilib, g‘orgacha kelgan dushmanlar g‘or og‘zida kaptarlar uya qurib yashayotganini ko‘rib, “bu yerda odamzod bo‘lishi mumkin emas, bo‘lmasa, kaptarlar bunday tinch o‘tirishmagan bo‘lishardi”, - deb bu yerdan jo‘nab ketishadi. Kaptarlar shunday harakatlari bilan Pir Siddiqni dushmanlardan qutqarib qolgan ekan.

Majmuadagi kaptarxona binosi masjid binosi bilan deyarli bir vaqtda, ya’ni XIX asrning ikkinchi yarmida qurilgan. Masjid binosi oldida joylashgan minora esa, 1920 yilda qurilgan. Bu haqda kirish eshigining tepasiga g‘ishtdan terilgan yozuv-sana dalolat beradi. Shu yerlik aholi hamda arxitektor V.L.Voroninaning “Farg‘ona viloyati xalq me’morchiligi”(1940 y.) asaridagi ma’lumotlarga ko‘ra, minora marg‘ilonlik Usta-Kichik degan shaxs tomonidan qurilgan.

Sobiq mustabid tuzumning diniy-me’moriy yodgorliklarga nisbatan nigilistcha siyosati Pir Siddiq majmuasini ham chetlab o‘tmadi. Majmuaning darvozaxonasi orqasidagi ikki qavatli bino buzib tashlandi, natijada darvozaxona peshtoqi ham zararlanib, yarim vayrona holatiga tushib qoldi. Majmuaning saqlanib qolgan binolari esa omborxona sifatida foydalanildi. Ikkinchi jahon urushi yillarida esa bu binolarga Rossiyadan evakuatsiya qilingan aholi joylashtirilgan.

Majmuada oxirgi qurilish ishlari 1956 yilda bajarilgan. 1990 yillarga kelib majmuada dastlabki ta’mirlash ishlari boshlangan. Hozirgi kunda Pir Siddiq majmuasi davlat muhofazasiga olingan.