Ўз даврида Марғилон шаҳрининг кўрки бўлган Пир Сиддиқ (Каптархона) мажмуаси мақбара, масжид, каптархона, минора ва дарвозахонадан иборат бўлган.

Марғилонда яшаб ўтган қарияларнинг айтишларича, мажмуада биринчи бўлиб Муҳаммад Пайғамбарнинг яқин дўсти бўлган, ислом тарғиботчиси – Сиддиқ дафн этилган сағана устига мақбара қурилган. Шу сабабли бу мақбара “Пир Сиддиқ” мақбараси деган ном олган. Даврлар ўтиши билан мақбаранинг атрофида масжид, дарвозахона, каптархона, минора каби бинолар қурилиб, яхлит бир меъморий мажмуа пайдо бўлган. Меъморий тузилишига кўра, мажмуадаги масжид биносининг қурилиши тахминан XIX асрнинг иккинчи ярмига тўғри келади.

Марғилонликлар орасида “Пир Сиддиқ” мақбараси номи билан боғлиқ қуйидагича афсона ҳам мавжуд. Унга кўра, бир куни авлиё Пир Сиддиқ уни таъқиб қилаётган душманлардан қочиб, бир ғорнинг ичига яширинади. Шунда каптарлар бу ғорнинг оғзига ўз инларини қуриб, ғорга кирадиган йўлни ёпадилар. Пир Сиддиқни таъқиб қилиб, ғоргача келган душманлар ғор оғзида каптарлар уя қуриб яшаётганини кўриб, “бу ерда одамзод бўлиши мумкин эмас, бўлмаса, каптарлар бундай тинч ўтиришмаган бўлишарди”, – деб бу ердан жўнаб кетишади. Каптарлар шундай ҳаракатлари билан Пир Сиддиқни душманлардан қутқариб қолган экан.

Мажмуадаги каптархона биноси масжид биноси билан деярли бир вақтда, яъни XIX асрнинг иккинчи ярмида қурилган. Масжид биноси олдида жойлашган минора эса, 1920 йилда қурилган. Бу ҳақда кириш эшигининг тепасига ғиштдан терилган ёзув-сана далолат беради. Шу ерлик аҳоли ҳамда архитектор В.Л.Воронинанинг “Фарғона вилояти халқ меъморчилиги”(1940 й.) асаридаги маълумотларга кўра, минора марғилонлик Уста-Кичик деган шахс томонидан қурилган.

Собиқ мустабид тузумнинг диний-меъморий ёдгорликларга нисбатан нигилистча сиёсати Пир Сиддиқ мажмуасини ҳам четлаб ўтмади. Мажмуанинг дарвозахонаси орқасидаги икки қаватли бино бузиб ташланди, натижада дарвозахона пештоқи ҳам зарарланиб, ярим вайрона ҳолатига тушиб қолди. Мажмуанинг сақланиб қолган бинолари эса омборхона сифатида фойдаланилди. Иккинчи жаҳон уруши йилларида эса бу биноларга Россиядан эвакуация қилинган аҳоли жойлаштирилган.

Мажмуада охирги қурилиш ишлари 1956 йилда бажарилган. 1990 йилларга келиб мажмуада дастлабки таъмирлаш ишлари бошланган. Ҳозирги кунда Пир Сиддиқ мажмуаси давлат муҳофазасига олинган.