Kokildor-ota xonaqohi o‘zining arxitekturasi va ajoyib qurilishi bilan farq qiladi. Ushbu gumbazli va ko‘p xonali yodgorlikning old qismi g‘ishtdan ishlangan. Uning qurilishida Sulton Saodat kompleksiga o‘xshab uch pog‘onalik old qismi g‘oyasi qo‘llanilgan. Bino rejasi simmetrik ravishda bo‘lgan. Markaziy o‘qida asosiy kirish va gumbazli katta zaldan iborat ayvon joylashgan. Uning atroflarida, deyarli parallel ravishda oynali ko‘rinishda xonalar joylashgan.To‘g‘ri to‘rtburchak shakldagi kirish markaziy zalga, yon kirish qismlari unga tutash xona va koridorlarga olib borgan. Bino devorlari ganj bilan ishlov berilgan. Binoning ichki xonalarida qabr toshlari bo‘lib, ularning orasida eng kattasi Kokildor otaga tegishli.

Binoning bahaybat kirish qismi ko‘proq 15 asrlaga ya’ni Temuriylar davriga xos. Olimlarning taxminlariga ko‘ra, bino Temuriylar davrida, Hakim al-Termiziy va Sulton Saodat majmualarini qayta ta’mirlash davrida ta’mirlangan. Ta’kidlash joizki, Kokildor ota Termezdagi eng ahamiyatli yodgorliklardan biri hisoblanib kelinadi.