Ханака Кукилдор-ота отличается своей архитектурой и необычной планировкой. Это куполовидное многокомнатное строение, передняя часть которого была отделана кирпичом. Во время его строительства была повторена идея трехярусного переднего открытого фасада, которая использовалась в комплексе Султан Саодат. План здания был симметричный. На центральной оси располагалась глубокая терраса с основным входом и большой зал с куполом. По его сторонам, почти параллельно - зеркально располагались комнаты. Прямоугольный вход вел в центральный зал, а боковые входы вели к примыкающим комнатам и коридорам. Стены здания украшались великолепными узорами из ганча. Во внутреннем зале здания лежат надгробные плиты, самая большая из них принадлежит святому Кокилдору-ота.

Величественный портал здания характерен больше для XV века, т.е. для эпохи Темуридов, чем для архитектуры Маверанахра в XVI веке. Исследователи предполагают, что оно было заново восстановлено в эпоху Темуридов, возможно в период реконструкции комплекса Хакима-аль-Термези и Султан Саодат. Следует заметить, что здание Кокилдор-Ота - это один из самых значительных памятников в Термезе.