Кокилдор-ота хонақоҳи ўзининг архитектураси ва ажойиб қурилиши билан фарқ қилади. Ушбу гумбазли ва кўп хонали ёдгорликнинг олд қисми ғиштдан ишланган. Унинг қурилишида Султон Саодат комплексига ўхшаб уч поғоналик олд қисми ғояси қўлланилган. Бино режаси симметрик равишда бўлган. Марказий ўқида асосий кириш ва гумбазли катта залдан иборат айвон жойлашган. Унинг атрофларида, деярли параллел равишда ойнали кўринишда хоналар жойлашган.Тўғри тўртбурчак шаклдаги кириш марказий залга, ён кириш қисмлари унга туташ хона ва коридорларга олиб борган. Бино деворлари ганж билан ишлов берилган. Бинонинг ички хоналарида қабр тошлари бўлиб, уларнинг орасида энг каттаси Кокилдор отага тегишли.   

Бинонинг баҳайбат кириш қисми кўпроқ 15 асрлага яъни Темурийлар даврига хос. Олимларнинг тахминларига кўра, бино Темурийлар даврида, Ҳаким ал-Термизий ва Султон Саодат мажмуаларини қайта таъмирлаш даврида таъмирланган. Таъкидлаш жоизки, Кокилдор ота Термездаги энг аҳамиятли ёдгорликлардан бири ҳисобланиб келинади.