Мадраса 1915 йил қурилган бўлиб Қирғиз Қўрғон кўчаси Пахтаобод туманида жойлашган. Ўз даврининг ноёб иншооти Намангандаги уста Муҳаммаджон томонидан қурилган Отауллоҳ ҳамда Мулла Қирғиз мадрасаларини қурдирган Ота Қўзининг (1855—1918) маблағига қурлиган. Мадраса безаклари уста Саъдуллахон томонидан бажарилган. Мадраса айланасига талабаларга дарс ўтилиши учун мўлжалланган хоналар (хужра) билан ўралган, ғарбдан эса масжид қад ростлаган.

Ота Қўзи мадрасаси Фарғоналик усталар Қирғизбой ҳамда уста Мамажон томонидан XX аср бошида барпо қилинган. Бино Андижоннинг шимолида Қирғизистон чегарасига яқин жойда жойлашган.

Меъморлар пишган ғиштнинг барча нафис имкониятларини намойиш қилишган. Ота Қўзи мадрасаси биноларининг ҳажми бир-биридан баланд. Шунингдек, минора мажмуадан ва ҳужра ҳажмидан баланд кўтарилган арк ёритгичли гумбаз билан беркитилган.

Ота Қўзи мадрасасининг умумий мажмуаси ўз даврининг биноларига монанддир. Мажмуанинг ташқа безагида ҳам умумийлик мавжуд бўлиб, девор баландлиги бўйлаб вертикал қаторга сафланган декоратив миноралар бирлашади. Шу билан бирга ёдгорлик ўзида Фарғона ерига хос алоҳида хусусиятларни жамлаган бўлиб, ўтмиш ёдгорлигига ўзи хослик бағишлайди. Бугун иншоот таъмирланиб, ўлкашунослик музейи ўрнида фаолият кўрсатади.