Самарқанд шаҳар тарихи музейи 1970 йилда ташкил этилган. Музей Афросиёб шаҳарчасида – Самарқанднинг қадимий, мўғуллар истилосигача бўлган қисмида жойлашган.

Музей экспозиция залларида милоддан аввалги биринчи минг йилликнинг ўрталаридан XIII асрнинг бошларигача бўлган шаҳар тарихини ёритувчи экспонатлар намойиш этилган.

Самарқанд икки минг йил давомида (Сўғд ёки Сўғдиёнанинг) марказий шаҳри бўлиб, музейда намойиш этилаётган экспонатлар Самарқанднинг юқори даражадаги маданий, сиёсий, диний ва ишлаб чиқаришдаги ҳаётини яққол ёритади.

Музейда Самарқанднинг моддий маданиятини ёритувчи сопол, шиша, тош, метал, суяк, қорапластика ва меъморий нақшлардан иборат бой тўпламлар сақланади. Булар қарийб 20 мингдан ортиқ осори-атиқаларни ташкил қилади.

Бу экспонатларнинг асосий қисми музейнинг 11 та залидан иборат экспозицияларида намойиш этилиб, қолган ёрдамчи материаллар музей фондларида сақланмоқда.

Биринчи қават экспозициясида Афросиёб шаҳарчасининг ўрганилиш тарихи, Сўғднинг милоддан аввалги VIII-VII асрлардан милодий VII-VIII асрларгача бўлган тарихий даврини экспонатлар билан ёритган. Музейнинг марказий залида Сўғд ҳукмдори (Ихшиди) Вархуман саройидаги “Элчилар хонаси”нинг суратлари жойлашган.

Самарқанд шаҳрининг 2750 йиллик юбилейи муносабати билан музейнинг иккинчи қават экспозиция заллари тўлиқ қайта ишга туширилди.

Афросиёб қазишмаларидан топилган осори-атиқалар асосида Ўрта Осиёда мусулмон уйғониш даври тарихи ва маданияти намойиш этилмоқда. Экспонатлар мавзуси Самарқанднинг IX-XIII асрларга оид моддий маданияти тарихини ёритган.