Samarqand shahar tarixi muzeyi 1970 yilda tashkil etilgan. Muzey Afrosiyob shaharchasida – Samarqandning qadimiy, mo’g’illar istilosigacha bo’lgan qismida joylashgan.

Muzey ekspozitsiya zallarida miloddan avvalgi birinchi ming yillikning o’rtalaridan XIII asrning boshlarigacha bo’lgan shahar tarixini yorituvchi eksponatlar namoyish etilgan.

Samarqand ikki ming yil davomida (So’g’d yoki So’g’diyonaning) markaziy shahri bo’lib, muzeyda namoyish etilayotgan eksponatlar Samarqandning yuqori darajadagi madaniy, siyosiy, diniy va ishlab chiqarishdagi hayotini yaqqol yoritadi.

Muzeyda Samarqandning moddiy madaniyatini yorituvchi sopol, shisha, tosh, metal, suyak, korapilastika va me’moriy naqshlardan iborat boy to’plamlar saqlanadi. Bular qariyb 20 mingdan ortiq osori-atiqalarni tashkil qiladi.

Bu eksponatlarning asosiy qismi muzeyning 11 ta zalidan iborat ekspozitsiyalarida namoyish etilib, qolgan yordamchi materiallar muzey fondlarida saqlanmoqda.

Birinchi qavat ekspozitsiyasida Afrosiyob shaharchasining o’rganilish tarixi, So’g’dning miloddan avvalgi VIII-VII asrlardan milodiy VII-VIII asrlargacha bo’lgan tarixiy davrini eksponatlar bilan yoritgan. Muzeyning markaziy zalida So’g’d hukmdori (Ixshidi) Varxuman saroyidagi “Elchilar xonasi”ning suratlari joylashgan.

Samarqand shahrining 2750 yillik yubileyi munosabati bilan muzeyning ikkinchi qavat ekspozitsiya zallari to’liq qayta ishga tushirildi.

Afrosiyob qazishmalaridan topilgan osori-atiqalar asosida O’rta Osiyoda musulmon uyg’onish davri tarixi va madaniyati namoyish etilmoqda. Eksponatlar mavzusi Samarqandning IX-XIII asrlarga oid moddiy madaniyati tarixini yoritgan.