Bu madrasa 1785 yili Qo‘ng‘irot xonlari shajarasiga asos solgan Muhammad Amin Inoq tomonidan qurilgan. Rivoyatlarga qaraganda, bu madrasaning maxsus xonalaridan biriga uning o‘zi yoki uning kichik o‘g‘li Qutlug‘ Murod bola xon dafn qilingan.

1935 yilda Xivaning ba’zi tarixiy binolari vayron qilingan, shu davrda ishlagan qariyalarning aytishlaricha, madrasa ichidan ikkita qabr topilgan. Qabr ichidagi jasadlar yaxshi saqlangan bo‘lib, ularni kafandan tashqari teri bilan ham o‘rashgan. Madrasada yigirmadan ziyod hujralar bo‘lib old tomoni ikki qavatli kiraverishda ikki tomonidan tepaga ko‘tarilish uchun maxsus zinapoyalar qurilgan.

Ushbu madrasa qarshisida XIX asr boshlarida Fozilbiy masjidi ham qurilgan. (Fozilbiy Muhammad Amin inoq davrida Amir al-umaro Xiva xonligidagi harbiy qo‘shinlarning bosh qo‘mondoni vazifasida ishlagan, uning maoshi yiliga 500 tilla bo‘lgan, hozirda bu inshoot buzilib ketgan) Madrasa qayta ta’mirlanib, uning ichki sathini yuqori qismi beton ustunlar yordamida bostirilib ganch qilingan, uning chiroyli va betakrordir.

Hozirgi kunda shahar FHDYoB, ya’ni nikohlarni qayd qilish uyiga aylantirilgan.