Строение было построено богатым хивинским купцом Сейид Нияз Шалыкарбаем в 1842 году. Внучка Сейид Нияз Шалыкарбая Пашша ана (бабушка) рассказывая о своём деде со слов своего отца Худайберген ата (дедушка) вспоминает следующее:- “Нашего деда Сейид Нияза Шалыкара называли белильщиком шалы (дапмачи) шалы. Его отец был богатым купцом, после его смерти всё богатство перешло по наследству к Сейид Ниязу.

Он ещё больше расширил своё  производство. В один из дней Сейид Нияз со своим приятелем, бухарским купцом Эшматбаем, погрузив на верблюдов различные товары, отбыл с караваном в Иран. Им улыбнулась удача, и они все повезённые товары продали за короткое время и подружившись с тамошними купцами, на несколько месяцев остались в Иране. Все деньги (кроме первичного капитала), которые они нажили торговлей прогуляли со своими приятелями, ели-пили, гуляли и почти полностью их израсходовали. Но по причине того, что Сейид Шалыкар бай был человеком открытым душой, щедрым, он не мог покинуть общество друзей. Когда подошло время возвращаться домой на Родину, и его друг Эшматбай сказал:-“Что теперь будем делать, как нам теперь быть дальше?” - Сейид Ниёз ответил:- “мы сейчас же пойдём на рынок и на деньги, оставшиеся у нас (сармоя) сколько сможем, купим товары, погрузим их на верблюдов и поедем домой”. Когда друзья пошли на базар, денег у них, чтобы купить хороших товаров не хватило. По этой причине, побродив по рынку, они оказались около одного молодого парня, который несмотря на свои молодые годы сидел в одном углу, сгорбившись наподобие пожилых стариков, с заросшими бородой и усами, одетого в истрёпанную всю в лохмотьях одежду, который продавал белую жевательную серу или жвачку сорта “бухари”. Говоря, что на оставшиеся у них деньги кроме белой жвачки больше ничего другого они купить не смогут, а впереди близко дни мусульманского праздника (ийд – хайит) и вероятно, торговля ими будет хорошей, они скупили у парня всю белую жевательную серу (ак сакич). Обрадованные сверх меры, оставшиеся у себя деньги они отдали в дар этому юноше, навьючили груз на верблюдов и Эшматбай поехал в Бухару, а Сейид Нияз в Хиву. Приехав в Хиву Сейид Нияз размельчал один кусок жвачки, и не поверил своим глазам, – из кусков жевательной серы вывалились золотые монеты (тилля), жемчуги и драгоценные камни. Сейид Нияз на всякий случай, запрятал половину богатства в известное ему место, наказав жене, что если он не вернётся обратно, этих сокровищ хватит на семь их поколений. Оставшееся богатство завязал себе в пояс, и пошёл к хану. Получив разрешение зашёл к хану на приём и сказал:- “Если будет на то высочайшее повеление, дайте мне разрешение построит на деньги, приобретённые честным путём мечеть”. Затем, Сейид Нияз Шалыкар, положив привезённые им богатства перед ханом, рассказал ему случившуюся историю. Хан погрузился в длительное раздумье и потом сказал: -“Для того чтобы построить мечеть, я даю тебе разрешение, но ты должен также отправить хозяину его долю”. Таким образом к востоку от ворот Палван-дарваза Ичан-калы (на территории Дишан-калы) было начато строительство мечети. В народе есть слухи, что в строительстве мечети работал всего лишь один мастер, а оставшуюся работу выполняли дети. Каждому из детей, принесшему один кирпич выдавалось по одному грецкому ореху. Для того, чтобы побольше собрать орехов дети бегом собирали кирпичи, и по этой причине строительство мечети шло быстрыми темпами. После завершения строительства верующие начали совершать молитву в мечети. В дни мусульманского праздника хайит, хан со своими приближёнными ехал для совершения хайит намаза (молитвы в честь праздника) в мечеть Намазгах, расположенную за воротами Гандимян-дарваза в Дишан-кале. Увидев застывшего в приветственном поклоне перед мечетью Сейид Нияз Шалыкарбая хан приветствовал его словами - “мадраса муборак” (“да будет благословенно медресе”) и проехал со своей свитой. Сейид Нияз удивился и молвил про себя -“почему же хан так сказал”! Затем подумав-“пусть слово, сказанное ханом не останется без внимания”,- с восточной стороны мечети начал строительство медресе”.

Строительство мечети приходится на время правления хивинского хана Аллакули. Требования, поставленные перед зодчим при строительстве мечети были следующими:- это должно быть крытое помещение, куда должно вмещаться много людей, на внутренней стороне двора должны быть прохладные места для отдыха мусульман (в жаркое время года). Именно такие условия ныне имеются в комплексе мечети Сейид  Шалыкарбая.  Общий комплекс Сейид Шалыкарбая состоит из собственно мечети (зимней и летней), двухэтажного медресе, минарета и двух дворов. Зимняя мечеть представляет собой монументальное сооружение с девятью куполами, опирающимися на четыре массивные колонны. С трёх сторон зимней мечети имеются три двери, основной вход в мечеть с двери, установленной в стене айвана с северной стороны. В айване летней мечети имеются три деревянных колонн, на которых отображены самые лучшие традиции хивинской резьбы по дереву. На колоннах айвана среди узорных витков написана арабским шрифтом дата хиджры 1212 (1797) год. Айван летней мечети по традиции обращён на север.На стенах айвана летней мечети резьбой по ганчу выполнены узорные фигурные панно. С северо-восточной стороны мечети пристроено медресе. Медресе двухэтажное, на его первом этаже имеется пять худжр, а на втором шесть.

Минарет возвышающийся к верху в виде вертикального конуса, даёт нам представление об основных приёмах градостроительного искусства Хивы. Он расположен слева от центрального входа в мечеть, очень своеобразен и миниатюрен, богат хивинскими узорами. В верхней части минарета под узором “шарафа” карниза исполнена арочная мезана. На верхнюю часть минарета, которой виден со всех точек города, ведёт спиралевидная лестница, находящаяся внутри него. Высота минарета 24 метра, диаметр его основания 4,5 метров.

В настоящее время мечеть осуществляет деятельность в виде соборной (Джами) мечети Хивы и района. Здесь также размещается отделение Духовного управления мусульман Узбекистана.