Мавзолей является одним из самых древних памятников архитектуры Ичан-калы. Мавзолей состоит из зияратханы (места поклонения) и гурханы (усыпальницы). В течение веков в связи с увеличением количества захоронений и земельных напластований мавзолей остался ниже уровня земли. В результате археологических раскопок было накоплено много сведений, касающихся истории и прежнего облика памятника.

Живший в прошлом историк Ахмед Рази, включив и Сейида Алауддина в список крупных известных хорезмских шейхов, утверждает, что он был одним из самых крупных шейхов после шейха Наджмеддина Кубра. Эти слова можно также прочитать в произведениях Джами и Навои.  В рукописи хивинца Сафарзаде сына Бабаджана о святых людях Хорезма пишется следующее - “Этот человек родился в XIII веке, родом из хорезмских узбеков. В юношеские годы после окончания старой школы, учёбы в медресе, был муллой, который учил детей в старой школе при мечети. Он считается также школьным учителем Пахлавана Махмуда”. В гурхане (месте захоронения) расположена замечательной красоты дахма (гробница), считающаяся священной, которая облицована изящными   глазурованными майоликовыми плитками зелёных, темно-синих, голубых и белых тонов. Все цветы узоров на этих майоликах своей рельефностью образуют какую-то необычайную красоту.

Такие майоликовые узоры в Хиве являются единственными. Их ровесниками и схожими с ними по исполнению техники узоров являются майоликовые узоры, выполненные на гробнице Шейха Наджмеддина Кубра в его мавзолее в городе Куня-Ургенче (на территории Туркменистана), на гробнице мавзолея Кусама ибн Аббаса в комплексе Шахи-Зинда в Самарканде. Мавзолей Сейида Алауддина был построен по инициативе его ученика и мюрида, известного представителя мусульманского толка накшбендия суфием Амиром Кулялем (умер в 1380 году и захоронен в городе Шахрисябзе, по повелению Амира Тимура на фамильном кладбище династии тимуридов).

Строение мавзолея немного невзрачно. Его угловые мукарнасы (объёмные сталактиты) с крупными косамонами, восьмигранный купол в виде древней хивинской тюбетейки выглядят очень упрощённо. Но мавзолей прославился из-за этой несравненной, по красоте гробницы, которая по причине большого различия между очень простым видом мавзолея и разнообразию своего украшения и изяществу, кажется привезённой с другого места. Дахма сложена и украшена наподобие монументального здания. Основание исполнено в форме ступенчатого возвышения, по углам оформлено миниатюрными колонками, лицевая часть дахмы покрыта глазурованными майоликовыми плитками. Cтенки её расписаны мелким растительным орнаментом в виде изящных қаёмок, внутри которых находятся узорные панно. Грани дахмы в виде изящных бордюров, панно, установленных на дахме двух миниатюрных сагана (надгробий) оформлены растительным орнаментом. Мелкие растительные узоры отображены очень реалистично. Их форма нампоминает узоры, нанесённые в тот период на предметы домашнего обихода. Цветы, использованные на узорах майолики дахмы, мелкие линии внутри крупных форм, все они вместе представляют собой красочную и привлекательную картину. На фоне разнообразия ажурного орнамента различаются надписи, написанные белыми красками на маленьких поверхностях маленьких сагана.

Наш великий Шейх Алауддин,

Своей смертью удостоился милости Аллаха,

День его ухода со счастливого месяца шаъбан,

Десять дней спустя  произошёл.

Из данных стихов стало известно, что шейх умер 18 марта 1303 года. Мавзолеи над могилами известных шейхов с течением времени превращались в места поклонения (зияратгах). Хан Хивы Аллакулихан (1825 – 1842) в знак приверженности к нему, в период своего правления построил над его гробницей величественное сооружение, выделил значительное количество вакуфных земель. В 1825 году мавзолей был полностью реставрирован, арочные крылья разрушенного портала были сложены повторно, в несколько сокращённом виде. Ниши внутри здания были заложены, пол в помещении выложен хивинскими квадратными кирпичами,а стены оштукатурены ганчем. На верхней части стен тушью выведены 14 строк стихов арабским шрифтом на фарси. В этих надписях сообщается, что здание восстановлено по указу Алла Кули-хана под руководством Хамида Ходжи сына Хуббикули Ходжи.