Мечеть Хазрат Хызр находится на юге городища Афрасиаб. Первое упоминание мечети относится к периоду арабского завоевания Согда (начало VIII века) Согласно легенде, после взятия Самарканда войсками Кутыйбы в 712 году арабы пытались затопить городскую крепость (калу), перекрыв плотиной канал Арзис. Однако с неба спустилась огромная белая птица, которая разрушила плотину. В ознаменование этого события один из сподвижников Кутейбы Мухаммад ибн Васы построил на месте почитаемого согдийцами зороастрийского храма на южной оконечности Афрасиаба у Железных ворот мечеть Хазрати Хизра. Мечеть была полностью разрушена в 1220 году во время монгольского завоевания.

Существующая ныне мечеть была построена на древнем фундаменте в 1854 году. В 1884 году в здании были проведены отделочные работы и перестройки. В 1899 году был переделан айван мечети и пристроена дарвазахана. Завершились работы в 1919 году, когда известным самаркандским мастером Абдукадыром бини Баки (Абдукадыром Бакиевым) были возведены входной портал и восточный минарет, а дарвазахана была перекрыта ребристым куполом.

Площадь мечети - 30 * 16 м. Она стоит на естественном возвышении. К ней ведет крутая лестница. Мечеть состоит из айвана и ханаки. Айван (крытый навес на колоннах) мечети очень богато украшен орнаментом. Из айвана идет вход в ханаку (обитель для дервишей). Ханака - квадратная в плане, имеет михрабную нишу (направление на Мекку) посередине и две худжры (кельи) по сторонам. Минарет расположен отдельно. Он состоит из ствола с винтовой лестницей и венчающего фонаря с ребристым куполом.

Фасад мечети слагается из довольно высокого основания с арочными нишами айвана, над которым с запада замыкается гулдастой (угловая полубашня) с кирпичной облицовкой. Верх айвана завершается рядом кирпичей. С востока в систему мечети органически включается портал дарвазаханы с гулдастами и прекрасными резными воротами. Этот ряд замыкает восточный минарет. Тонкое чутье проявлено мастером при выполнении резной двери. Здесь членения и орнаментация выполнены с неглубоким профилем, что в данном случае удачно, так как контрастная тень достаточно четко выявляет форму орнамента, сохраняя цельность основы. Здание изобилует датами, указывающими время его реставрации - в основном, это XIX-XX века.