Медресе Саид Ахмад-Ходжа было сооружено в конце XIX века. Это один из самых "молодых" памятников Маргилана, которому чуть больше 200 лет. Медресе присущи гармоничность композиции, соразмерность элементов здания и рациональные конструкции. Основу комплекса составляют само медресе и  мечеть, состоящая из зала и айвана с расписными потолками.

Медресе Саид Ахмад-Ходжа отличает не совсем традиционная архитектура: в ее постройке применялись как восточные приемы так и европейские. Так, внутри квадратного двора находится мечеть, а сам двор с рядами стрельчатых арок по периметру окружен худжрами, что является типичной планировкой для восточной архитектуры таких зданий. Здание построено из жженого кирпича, но, учитывая местные сейсмические условия, мастера укрепили стены мечети, по-европейски, двухрядным деревянным каркасом, что позволило визуально расширить внутреннее пространство помещения.

Потолок зала расписан широкими красными и зелеными полосами, на которых выделяются цветы и вьющиеся побеги. Внутренние стены разделены изящным геометрическим орнаментом по ганчу на прямоугольных панно, в плоскости которых выделена ниша михраба.

В 2007 году здание медресе Саид Ахмад-Ходжа было реконструировано, к памятнику подведена широкая дорога, а вокруг был разбит сад. Старые чинары с раскидистыми кронами и широкий арык, протекающий через внутренний двор медресе, создают в жаркие дни тень и прохладу.

Медресе Саид Ахмад-Ходжа - действующее, в нем верующие изучают Коран и Хадисы, а в 26 худжрах, в которых два века назад жили ученики медресе, сейчас располагаются мастерские местных ремесленников, которые занимаются ткачеством, золотым шитьем, резьбой по дереву и чеканкой.