Baroqxon madrasasiga Toshkent hukmdori Shayboniyxonlar sulolasidan chiqqan odam buyrug‘i bo‘yicha 1500-1606 yillarda asos solingan. Madrasa Buxoro va Samarqand ustalari tomonidan qurib bitkaziladi. Bu madrasa yana 1997 va 2007 yillarda qayta ta'mirlanadi.