Бароқхон мадрасасига Тошкент ҳукмдори Шайбонийхонлар сулоласидан чиққан одам буйруғи бўйича 1500-1606 йилларда асос солинган. Мадраса Бухоро ва Самарқанд усталари томонидан қуриб битказилади. Бу мадраса яна 1997 ва 2007 йилларда қайта таъмирланади.