1956 йил Тошкентда ташкил этилган "Пахтакор" қисқа фурсат ичида халқнинг севимли жамоасига айланди. Дастлабки йилларни “Пахтакор”нинг оёққа туриб олиш даври сифатида кўрсатиш мумкин. Жамоа ташкил этилганидан кейин СССР чемпионатининг Б класс мусобақасида иштирок эта бошлади. Тўрт йил мобайнида Бехтенев, Ходотов ва Олшанский қўл остида Б классда қатнашган “Пахтакор” ўзи учун зарур тажриба тўплади. Қайд этилаётган натижалар йилдан-йилга яхшиланиб борди. Масалан, ўзининг дебют мавсумида "Пахтакор" 13-поғонадан ўрин эгаллаган бўлса, бир йил ўтгандан сўнг бу кўрсаткич учтага юқорилади. Кейинги икки мавсумда ишончли тўп тепган ўзбек футболининг байроқдор клуби олий лигада иштирок этиш ҳуқуқини қўлга киритди. Ушбу йиллар ичида Моторин, Азизхўжаев, Мақсудов, Тазетдинов, Боркин, Виткалов, Шеффер, Козенков сингари футболчилар яхши савияда ўйин намойиш қилишди. 1960 йилдан бошлаб “Пахтакор” олий лигада қатнашишга киришди. Бош мураббийликка Александр Келлер таклиф этилди. Кучлилар лигасидаги илк ўйинини "Пахтакор" 9 апрель куни Тошкентда Москванинг “Торпедо” клубига қарши ўтказди. Тарихий учрашувда “Пахтакор” шарафини мазкур футболчилар ҳимоя қилишди:
Пшеничников, Азизхожаев, Козенков, Суюнов, Семенов, Тожиров, Тимохин, Моторин, Красницкий, Тазетдинов (сардор), Феофанов.

Умумий ҳисобда эса жамоа мавсумни 14-ўринда якунлади. Кейинги мавсумда деярли олдинги йилги натижа такрорланган бўлса-да, турнир жадвалида тўрт поғона юқорига ўсиш кузатилди. Орадан бир мавсум ўтгач, 1962 йилда “Пахтакор” СССР чемпионатлари тарихидаги энг яхши натижасидан бирини қайд этди. Бутун чемпионатни яхши ўтказган пахтакорчилар мавсум якунида олтинчи ўриндан жой олишди. Бу ўша даврда ёш бўлган клуб учун жуда яхши кўрсаткич эди. Агар яна олти очко қўлга киритилганда, Ўзбекистон фахри саналган клубимиз кумуш медалларга сазовор бўларди. Бироқ 1963 йил жамоа ўз ўйинини намойиш эта олмади ва пастки лигага тушиб кетди. Мураббий Келлернинг ўрнини эса Гавриил Качалин эгаллади. 1964 йил иккинчи гуруҳда учинчи ўринни эгаллаган “Пахтакор” яна олий лигага қайтди. Бир мавсум ичида жамоани Александр Абрамов, Савелий Софронов ва Борис Набоков бошқарганини алоҳида эслаб ўтиш жоиз.1975 йилги мавсумда жамоа аввалги шаштини сақлаб қола олмади ва олий лигани тарк этди. Чемпионат ўртасида Гавриил Качалин иккинчи марта бош мураббийликни қўлга олди. Мавсум муваффақиятсиз кечган бўлса-да, ишқибозларни жуда қувонтирадиган натижалар ҳам кузатилди. Масалан, 17 октябр куни Тошкентда Киевнинг “Динамо” клуби 5:0 ҳисобида тор-мор этилди. Хадзипанагис, Ан (2) ва Исоқовнинг (2) киритган тўплари ўша йил Европада ўзини кўрсатган “Динамо”нинг шармандали тарзда мағлубиятга учрашига сабаб бўлди.

Умуман олганда, 1965 йил "Пахтакор" Москва жамоаларини қақшатиши билан кўчпиликнинг эътиборини тортган. Ўтказилган ўн учрашувнинг фақат биттасида “Торпедо”га имконият бой берилган. Орадан бир йил ўтгач, 1966 йилги мавсумда ҳам натижа деярли аввалги чемпионатникидек бўлган. Лекин бу сафар “Пахтакор”да бронза медалларини қўлга киритиш учун имконият юзага келганди. Афсуски, охирги беш турда бирорта ҳам ғалабага эришилмагани сабабли совриндорлар қаторига кириш орзуси чиппакка чиққан. 1968 йил яна мураббий алмашди. Энди Евгений Елисеев жамоани устозлик қилишга киришди. У жамоа фахри саналган Геннадий Красницкийни таркибга киритмади, лекин гол уришда муаммоларга дуч келингани учун Гена иккинчи даврада сафга қайтарилди. Ҳужумда Красницкий - Абдураимов тандеми кўп йиллар самарали ўйнаб келгани сабабли тажрибали футболчисиз ўйинни ташкил этиш қийин бўлди. Чемпионатда 17-ўрин эгалланиб, "Пахтакор" ишқибозларни СССР Кубогидаги муваффақиятли иштирок билан хурсанд қилди. “Динамо” (Батуми), “Сокол” (Саратов), “Заря” (Луганск) ва “Шахтёр” (Донецк)ни доғда қолдирган “Пахтакор” финалда “Торпедо” (Москва) билан тўқнаш келди. 8 ноябрь куни ўтган учрашувда мазкур таркиб майдонда ҳаракат қилди: Любарцев, Доценко, Штерн, Науменко, Иноятов, Раҳматуллаев, Варюхин, Бектошев (Исоқов, 74), Абдураимов, Красницкий, Ибрагимов.

Баҳснинг 52-дақиқасида Юрий Савченко томонидан киритилган ягона тўп ўйин тақдирини ҳал этди ва москваликлар кубокни қўлга киритишди. Шунга қарамай, Елисеев шогирдлари Еврокубокларга йўлланма олишларига бир қадам қолгани билан фахрлана оладилар. Шунингдек, Биродар Абдураимов чемпионат ўйинларида 22 гол уриб, тбилисилик Гавашели билан бирга тўпурарлар рўйхатининг юқорисидан жой олди. Чемпионатнинг энг кучли 33 футболчиси қаторидан Абдураимовнинг ўрин олгани мутахассислар ўша йилги тўпурар сифатида ҳужумчимизни тан олишганини кўрсатиб турибди.

1969 ва 1970 йилларда яна Якушин бош мураббийликни ўз қўлига олди. Жамоа 16 ва 13-ўринларни эгаллади. 1969 йил “Крилья Советов” билан Тошкентдаги учрашувда жамоа афсонаси Геннадий Красницкий мамлакат чемпионатидаги юзинчи голини уришга эришди.

1971 йил клубни ўз тарихидаги энг юқори ўринга олиб чиққан Келлер Тошкентга қайтди. Бироқ Красницкий энди ёрдамчи мураббий бўлиб фаолиятини давом эттира бошлади, яъни у катта футболдаги фаолиятини тугатди. Бу эса қимматга тушди. Етакчисидан айрилган жамоа ўйин услубини олдингидек сақлаб қололмади ва биринчи лигага тушиб кетди. Кейинги мавсумда “Пахтакор”ни Вячеслав Соловев бошқарди. У бир йилнинг ўзидаёқ "Пахтакор"ни юқори лигага қайтарди. 33 учрашувда 34 тўп киритган Биродар Абдураимов биринчи лига тўпурарига айланди. Хулоса қиладиган бўлсак, ушбу йиллар давомида Пшеничников, Штерн, Иноятов, Раҳматуллаев, Абдураимов, Красницкий, Ибрагимов, Исоқов, Варюхин, Турғунов, Доценко, Любарцев, Бектошев ва бошқа бир қатор ўйинчилар ажойиб ҳаракатлари билан мухлислар меҳрини қозонишди.

“Пахтакор”-1979

1979 йилги мавсумда жамоа Кочетков бошчилигида старт олди, лекин чемпионат ўрталарида қайд этилган қониқарсиз натижалар сабабли унинг ўрнида Олег Базилевич иш бошлади. Шундан сўнг “Пахтакор” биринчи давра охирида рақибларини кетма-кет мағлубиятга учратди ва турнир жадвалида юқорига кўтарилишни бошлади. Аммо 11 август куни юз берган машъум фожеа жамоамизнинг 17 нафар аъзосини ҳаётдан олиб кетди...1979 йилнинг 11 август санаси ўзбек футбол жамоатчилиги учун қора ҳарфлар билан ёзиб қўйилган. Ўша воқеага ҳам тезда 30 йил бўлди. Бутун халқнинг аза тутишига сабаб бўлган ҳодиса Днепродержинск осмонида содир бўлган. Тошкент вақти бўйича соат 13дан 35 дақиқа 38 сония ўтди. Шу лаҳзада Тошкент-Гурев-Донецк-Минск рейсида парвоз қилаётган ТУ-134 самолёти Челябинск-Кишинёв рейсини бажараётган шу русумдаги бошқа самолёт билан тўқнашиб кетди. Фожеа ердан 8400 метр баландликда юз берди ва икки самолёт бортида бўлган 178 киши ҳалок бўлди. Улар орасида ўша вақтда ўзбек футболининг фахри ҳисобланган «Пахтакор»нинг 17 нафардан иборат таркиби ҳам бор эди. Афсуски, диспетчернинг хатоси икки юзга яқин инсонларни бу ҳаётдан олиб кетди. Ушбу ҳалокатдан жуда кўпчилик ўзини йўқотиб қўйганди. Чунки ўша мавсумда «Пахтакор» ишончли ўйин кўрсатиб, юқори ўринлардан жой эгаллашга ҳақли эканлигини исботлаб келаётганди. Ҳатто, баъзи мутахассислар жамоанинг яқин йиллар ичида Еврокубокларда ўйнаши мумкинлиги тўғрисида тахмин қилаётганди. Фожеа оқибатида нафақат кўплаб инсонлар ҳалок бўлди, балки бу ўзбек футболининг ривожланишига ҳам ўзининг салбий таъсирини кўрсатди. Тасаввур қилинг, ўшанда бизнинг энг яхши футболчиларимиз дунёдан кўз юмди. Натижада бир бутун бир авлоддан ажралиб қолдик. Агар ўша ҳалокат бўлмаганда футболимиз ҳозирги савиясидан икки-уч баробар юқорироқ бўлиши мумкин эди.

Самода ҳалок бўлган ўйинчи ва жамоа аъзоларининг рўйхати мазкур инсонлардан иборат: Идгай Борисович Тазетдинов - Мураббий, Владимир Василевич Чумаков - Шифокор, Мансур Иномжонович Толибжонов - Маъмур, футболчилар - Михаил Ан, Владимир Фёдоров, Олим Аширов, Равил Агишев, Константин Баканов, Юрий Загуменних, Александр Корчёнов, Николай Куликов, Владимир Макаров, Сергей Покатилов, Виктор Чуркин, Сирожиддин Бозоров, Шуҳрат Эшбўтаев, Владимир Собиров.

“Пахтакор” 1980-1991

1980 ва 1981 йиллларда жамоага берилган енгиллик бежизга бўлмагани ўз исботини топди. Чемпионатда 16 ва 18-ўринлар эгалланди. Бош мураббийлик фаолиятини 1980 йилнинг ўрталарида бошлаган Иштван Секеч 1982 йил жамоани ўз тарихидаги энг юқори ўринга яна бир марта олиб чиқди. Афсуски, совринли поғоналарга етиш учун беш очкогина етишмади. Шунга қарамай, ўша йилдаги иштирок мухлисларга олам-олам қувонч улашди. Афсуски, 1984 йилги мавсум "Пахтакор" учун омадсиз келди ва клуб билан юқори чўққига кўтарилган Секеч қуйига шўнғишга ҳам мажбур бўлди. Бу сафар биринчи лигага сайр нақд олти йилга чўзилди. Фақат 1990 йилда Фёдор Новиков “Пахтакор”ни олий лигага қайтарди. Магометов, Пятницкий, Макаров, Синелобов, Микляев, Бондаренко, Гесс, Зейтуллаев, Нортожиев, Ковшов, Қосимов, Абдураимов, Билолов сингари футболчилар ўз маҳоратларини ёрқинроқ намойиш қилишди. 1991 йил охирги марта СССР чемпионатлари ўтказилгани билан тарихда қолган. "Пахтакор" 14-ўринни эгаллаб, ўз орнини сақлаб қолишга эришди. СССР биринчиликлари тарихидаги сўнгги учрашувини “Пахтакор” Аҳрол Иноятов қўл остида ўтказди. Шу тариқа Собиқ Иттифоқ чемпионатлари ниҳоясига етди ва барча мамлакатлар ўзларининг мустақил биринчиликларини ташкил эта бошлашди. Шу жумладан, Ўзбекистон ҳам.

Ўзбекистон Олий Лигаси

1992 йил "Пахтакор" Фарғонанинг "Нефтчи" жамоаси билан биринчи маротаба ўтказилган Ўзбекистон олий лигасида бир хил очко тўплаб, қўш чемпионга айланди. 1993 йилги мавсумни Баҳодир Иброҳимов қўл остида ўтказган жамоа чемпионат олтин медалларига эриша олмади, лекин мухлисларни мамлакат кубогини қўлга киритиб, хурсанд қилди. 1995 йил голландиялик мутахассис Ханс Ферел жамоада иш бошлади. Унинг бошчилигида совринли ўринлар эгалланмади, лекин “Пахтакор” иштирокидаги сермаҳсул учрашувлар мухлисларга жуда маъқул келди. 1996 йил кубок финалида “Нефтчи”га пенальтилар сериясида имкониятнинг бой берилгани билан ёдда қолди. Буни қарангки, ўшанда пеналтини аниқ амалга ошира олмаган Андрей Акопянц орадан бир йил ўтгач, қўшимча вақтда фарғоналиклар дарвозасини ишгол қилди ва "Пахтакор"га иккинчи кубокни келтирди. Бу ўша мавсумда чемпионатдаги муваффақиятсизликни унутишга ёрдам берди.

1998 мавсумни катта ўзгаришлар билан бошлаган “Пахтакор”нинг олтин медалларни қўлга киритиши тахмин қилинганди ва шундай бўлди ҳам. Чемпионатни бир текисда ўтказган жамоа якунда турнир жадвалининг энг юқори поғонасидан ўрин олди. Клубни навбатдаги чемпионликка бразилиялик мураббий Убиража Вега да Силва олиб келгани эътиборга молик ҳол. Ўша мавсумда Павел Бугало, Рустам Шоймардонов, Александр Хвостунов, Бахтиёр Қамбаралиев, Бахтиёр Ашурматов, Мурод Алиев, Николай Ширшов, Отабек Пирматов, Миржалол Қосимов, Андрей Акопянц, Нўъмон Нурматов, Дилмурод Назаров, Азамат Абдураимов, Собир Ходиев ва Игорь Шквирин сингари футболчилар ўзларини кўрсатишди. Афсуски, 1999 ва 2000 йилги мавсумлар “Пахтакор” учун омадсиз кечди. Жамоа мос равишда 4 ва 7-ўриндан жой олди. Ниҳоят, 2001 йилга келиб ижобий ўзгаришлар юзага келди. Чемпионатда кумуш медаллар қўлга киритилган бўлса, Ўзбекистон Кубоги учинчи бор клуб музейига келтирилди. Финал учрашувида Леонид Кошелев томонидан киритилган икки тўп жамоага “Нефтчи” устидан 2:1 ҳисобида ғалаба келтирди. Шу тариқа “Пахтакор”нинг олтин эраси бошланди. 2001 йилдан кейинги давр "Пахтакор" тарихида олтин ҳарфлар билан битиладиган бўлди. Жамоа таркиби тубдан ёшартириб юборилиши натижасида, кучли жамоа шаклланди ва “Пахтакор” 2008 йилгача ички мусобақаларда ғолибликни ўзида сақлаб келишга эришди. Шунингдек, стадион тўлиқ таъмирдан чиқарилди, жамоа академияси ишга тушди ва клуб профессионал тизимда ишлашга ўтди. Бундан ташқари, янги ташкил этилган Осиё Чемпионлар лигасининг дастлабки икки мавсумида ярим финал забт этилди. Албатта, бу каби фактлар жамоанинг жуда яхши натижаларни қайд этганини исботлаб турибди. Бу йиллар ичида “Пахтакор”га Тачмурод Агамуродов, Виктор Жалилов, Равшан Ҳайдаров ва Валерий Непомняший сингари тажрибали мураббийлар устозлик қилишди. Қўлга киритилган натижалар ҳам шунга яраша бўлди. Кетма-кет олти мавсум мобайнида жамоа Ўзбекистон чемпионати ва Кубогида ғолиб чиқди. Бир йиллик танаффусдан сўнг 2009 йил кубок яна қўлга киритилди. Игнатий Нестеров, Леонид Кошелев, Сервер Жепаров, Анвар Солиев, Темур Кападзе, Одил Аҳмедов, Асрор Алиқулов, Анзур Исмоилов, Зайниддин Тожиев, Элдор Магдеев, Александр Гейнрих, Илҳом Суюнов, Темур Жўраев ва бошқа бир қатор футболчилар ғалабаларга муносиб ҳиссаларини қўшишди.

2011 йил яна бир бор Ўзбекистон Кубогига эга чиқилди. 2012 йил эса мухлислар 4 йиллик танаффусдан жамоанинг чемпионликка эришганини байрам қилишди. Бу сафар олтин медаллар чемпионатлар тарихидаги энг ёш таркиб билан қўлга киритилди.

Сўнгги йилларда Одил Аҳмедов, Егор Кримец каби тарбияланувчиларимиз хориж жамоаларида ишончли ўйнаб, клуб номининг бошқа мамлакатларда янада жарангдор ном топишига сабаб бўлди.