Моғаки Аттор масжиди XII асрда қорахонийлар ҳукмронлиги даврида бунёд этилган. XVI асрда шайбонийлар сулоласи хонлари даврида қайта қурилган.

Уни қайта қуришни ташкил қилган Искандархон (1561-1583) ва Абдуллахон II (1583-1598) ҳукмронлигининг дастлабки йилларида Самарқанд ҳокими бўлган. 1583-йилда Абдуллахон билан оралари бузилган, Абдуллахон Андижонда исён кўтарган Исфандиёр султонга қарши қўшин тортганда Исфандиёр султон унга қўшилишдан бош тортган. Дўстум султон (Тошкент ҳокими), Исфандиёр султон (Андижон ҳокими) ва Ўзбекхон (Ҳисор ҳокими) билан Абдуллахонга қарши иттифоқ тузиб Исфандиёр султон бошлиқ қўшин Бухоро атрофини талон-тарож қилган. Исфандиёр 1586-йил 16-августда фитначилар томонидан ўлдирилган. Абдуллахон ўзбек давлатчилиги тизимидаги Бухоро хонлигининг шайбонийлар сулоласидан чиққан энг йирик ҳукмдори (1583-1598), давлат арбоби, саркарда, илм-фан, маърифат, маданият ҳомийси. Бобоси Жонибек султон Кармана ва Миёнқол ҳокими бўлган. Отаси Искандар султон ўғли туғилган пайтда Офаринкентни, кейинчалик, афтидан ака-укаларидан бири вафот этгач, Карманани бошқарган. Абдуллахон II Шайбонийхон вафотидан кейин парчаланиб кетган мамлакат ҳудудини қайта бирлаштириш, марказий давлат ҳокимиятини мустаҳкамлаш учун ёшлик чоғидан қаттиқ кураш олиб борган. Абдуллахон II ҳукмронлиги даврида Бухорода илм-фан, санъат, шаҳарсозлик, адабиёт ва шу каби соҳалар гуллаб-яшнади.
Меъморий обиданинг асосий қисми ва сўнгги ҳолатдаги кўриниши ўрта асрларнинг сўнгги даврида, ХВИ асрда бунёд этилган.

Меъморий обиданинг қурилишида хом ва пишган ғишт, ёғоч, лой, махсус “қир” қотишмаси, тош, ганж ва шунга ўхшаш ашёлардан кенг фойдаланилган. Меъморий обиданинг дизайни: Қадимий 4 устунли Моҳ масжиди (IX аср) ўрнида XII асрда эски лойиҳа асосида қайта қурилган (1934-йилда археологик тадқиқотлар асосида аниқланган). XIV асрда таъмирланган, XV асрда пештоқининг юқори қисми бузилган. Шайбоний Абдулазизхон даврида (1541-1542-йиллар) бинонинг юқори қисми, гумбазлари қайта қурилган. Масжид тарҳи (13,35×17,6 м) содда ечимга эга, ичкариси 6 устунли, 12 гумбазли, ўрта гумбази баландроқ бўлиб, унинг асосидаги дарчалар орқали бино ичига ёруғлик тушади. Шарқий қисмини кенг пиллапояли зина эгаллаган. Бош тарзидаги пештоқ ғайриодатий равишда бинонинг ён томонида жойлашган. Кейинчалик шарқий қисми қайта қурилган. Пештоқининг кўринишида ёйсимон чуқур равоқ ва ундаги ўзига хос безаклар муҳим ўрин тутади. Ганж ва майда ғишт бўлакчаларидан безатилган пештоқ ҳашами ғоятда нафис ва юксак бадиий дид билан бажарилган. Намоён ўлчамларига мутаносиб равишда мураккаб бўртма нақшлар ишланган. Устун гўшалари ўйма нақшлар билан, боғчаси вазасимон шаклда кўкаламзорлаштирилган.
Меъморий обида Шарқ меъморчилиги анъаналарини ўзида мужассамлаштирган, “Чор” услубида бунёд этилган.

Меъморий обиданинг ўзига хос томонларидан бири, Мағок (чуқурлик)да ва Аттор бозори яқинида жойлашганлиги сабабли Мағоки Аттори мадрасаси деб аталган. Иншоотнинг безаклари XII аср Бухоро меъморчилик мактабининг юксак наъмунаси сифатида Ўзбекистон меъморчилиги тарихида алоҳида ўрин тутади. Вақт ўтиши билан масжид кўмилиб кетган. Масжиднинг шарқий пештоқидаги ёзувларга кўра, 1547-йилда Абдулазиз ибн Абдуллоҳ масжидни буздириб, ўрнига янги масжид қурдирмоқчи бўлади. Аммо нақшбандия тариқатининг ўша даврдаги пешвоси ва хоннинг муршиди Махдуми Аъзам бунга йўл қўймайди. Меъморий обиданинг 1939-1949-йилларда пештоқи мустаҳкамланиб таъмирланган, атрофи ободонлаштирилган. Бундан ташқари, мамлакатимиз мустақилликка эришгандан сўнг, юртимиздаги бошқа меъморий иншоотлар қаторида ушбу иншоот ҳам таъмирланди.
1997-йилда Бухоро шаҳрининг 2500 йиллиги муносабати билан Бухородаги барча обидалар қаторида Мағоки Аттор масжиди ҳам қайта таъмирдан чиқди. ЮНEСКО ташкилотининг Бутун Жаҳон ёдгорликлари рўйхатига киритилди. 2000-йил 30-августда “Маданий мерос обйектларини муҳофаза қилиш ва улардан фойдаланиш тўғрисида”ги қонун қабул қилинди. 2008-йил 12-сентабрда “Музейлар тўғрисида”ги Ўзбекистон Республикаси Қонуни кабилар меъморий обиданинг ҳуқуқий кафолатидир.