Mog‘aki Attor masjidi XII asrda qoraxoniylar hukmronligi davrida bunyod etilgan. XVI asrda shayboniylar sulolasi xonlari davrida qayta qurilgan.
Uni qayta qurishni tashkil qilgan Iskandarxon (1561-1583) va Abdullaxon II (1583-1598) hukmronligining dastlabki yillarida Samarqand hokimi bo‘lgan. 1583-yilda Abdullaxon bilan oralari buzilgan, Abdullaxon Andijonda isyon ko‘targan Isfandiyor sultonga qarshi qo‘shin tortganda Isfandiyor sulton unga qo‘shilishdan bosh tortgan. Do‘stum sulton (Toshkent hokimi), Isfandiyor sulton (Andijon hokimi) va O‘zbekxon (Hisor hokimi) bilan Abdullaxonga qarshi ittifoq tuzib Isfandiyor sulton boshliq qo‘shin Buxoro atrofini talon-taroj qilgan. Isfandiyor 1586-yil 16-avgustda fitnachilar tomonidan o‘ldirilgan. Abdullaxon o‘zbek davlatchiligi tizimidagi Buxoro xonligining shayboniylar sulolasidan chiqqan eng yirik hukmdori (1583-1598), davlat arbobi, sarkarda, ilm-fan, ma’rifat, madaniyat homiysi. Bobosi Jonibek sulton Karmana va Miyonqol hokimi bo‘lgan. Otasi Iskandar sulton o‘g‘li tug‘ilgan paytda Ofarinkentni, keyinchalik, aftidan aka-ukalaridan biri vafot etgach, Karmanani boshqargan. Abdullaxon II Shayboniyxon vafotidan keyin parchalanib ketgan mamlakat hududini qayta birlashtirish, markaziy davlat hokimiyatini mustahkamlash uchun yoshlik chog‘idan qattiq kurash olib borgan. Abdullaxon II hukmronligi davrida Buxoroda ilm-fan, san’at, shaharsozlik, adabiyot va shu kabi sohalar gullab-yashnadi.
Me’moriy obidaning asosiy qismi va so‘nggi holatdagi ko‘rinishi o‘rta asrlarning so‘nggi davrida, XVI asrda bunyod etilgan.
Me’moriy obidaning qurilishida xom va pishgan g‘isht, yog‘och, loy, maxsus “qir” qotishmasi, tosh, ganj va shunga o‘xshash ashyolardan keng foydalanilgan. Me’moriy obidaning dizayni: Qadimiy 4 ustunli Moh masjidi (IX asr) o‘rnida XII asrda eski loyiha asosida qayta qurilgan (1934-yilda arxeologik tadqiqotlar asosida aniqlangan). XIV asrda ta’mirlangan, XV asrda peshtoqining yuqori qismi buzilgan. Shayboniy Abdulazizxon davrida (1541-1542-yillar) binoning yuqori qismi, gumbazlari qayta qurilgan. Masjid tarhi (13,35×17,6 m) sodda yechimga ega, ichkarisi 6 ustunli, 12 gumbazli, o‘rta gumbazi balandroq bo‘lib, uning asosidagi darchalar orqali bino ichiga yorug‘lik tushadi. Sharqiy qismini keng pillapoyali zina egallagan. Bosh tarzidagi peshtoq g‘ayriodatiy ravishda binoning yon tomonida joylashgan. Keyinchalik sharqiy qismi qayta qurilgan. Peshtoqining ko‘rinishida yoysimon chuqur ravoq va undagi o‘ziga xos bezaklar muhim o‘rin tutadi. Ganj va mayda g‘isht bo‘lakchalaridan bezatilgan peshtoq hashami g‘oyatda nafis va yuksak badiiy did bilan bajarilgan. Namoyon o‘lchamlariga mutanosib ravishda murakkab bo‘rtma naqshlar ishlangan. Ustun go‘shalari o‘yma naqshlar bilan, bog‘chasi vazasimon shaklda ko‘kalamzorlashtirilgan.
Me’moriy obida Sharq me’morchiligi an’analarini o‘zida mujassamlashtirgan, “Chor” uslubida bunyod etilgan.
Me’moriy obidaning o‘ziga xos tomonlaridan biri, Mag‘ok (chuqurlik)da va Attor bozori yaqinida joylashganligi sababli Mag‘oki Attori madrasasi deb atalgan. Inshootning bezaklari XII asr Buxoro me’morchilik maktabining yuksak na’munasi sifatida O‘zbekiston me’morchiligi tarixida alohida o‘rin tutadi. Vaqt o‘tishi bilan masjid ko‘milib ketgan. Masjidning sharqiy peshtoqidagi yozuvlarga ko‘ra, 1547-yilda Abdulaziz ibn Abdulloh masjidni buzdirib, o‘rniga yangi masjid qurdirmoqchi bo‘ladi. Ammo naqshbandiya tariqatining o‘sha davrdagi peshvosi va xonning murshidi Maxdumi A’zam bunga yo‘l qo‘ymaydi. Me’moriy obidaning 1939-1949-yillarda peshtoqi mustahkamlanib ta’mirlangan, atrofi obodonlashtirilgan. Bundan tashqari, mamlakatimiz mustaqillikka erishgandan so‘ng, yurtimizdagi boshqa me’moriy inshootlar qatorida ushbu inshoot ham ta’mirlandi.
1997-yilda Buxoro shahrining 2500 yilligi munosabati bilan Buxorodagi barcha obidalar qatorida Mag‘oki Attor masjidi ham qayta ta’mirdan chiqdi. YuNESKO tashkilotining Butun Jahon yodgorliklari ro‘yxatiga kiritildi. 2000-yil 30-avgustda “Madaniy meros obyektlarini muhofaza qilish va ulardan foydalanish to‘g‘risida”gi qonun qabul qilindi. 2008-yil 12-sentabrda “Muzeylar to‘g‘risida”gi O‘zbekiston Respublikasi Qonuni kabilar me’moriy obidaning huquqiy kafolatidir.