Ichan Qal’aning shimoliy qismida, odamlar yashaydigan joyda Amir To‘ra madrasasi joylashgan. U 1870 Amir To‘raning akasi Muhammad Rahim-xon II (1863- 1910) tomonidan qurilgandir. Madrasaning asosiy old qismi sakkiz qirrali tokcha hamda ikki qavatli qanot arkli baland portal ko‘rinishida. Old qismining qolgan baland devorlari ham ikki qavatlilik ko‘rinishini ifoda etadi.

Ko‘plab madrasalardan farqli ravishda, bunisi juda mo‘’tadil ishlangan bo‘lib, hech qanday devor ishlatilmagan. Madrasaning yon minoralarigagina guldasta deb nomlanuvchi bezak ozgina berilgan. Ularga yashil koshinning ingichka hoshiyasi ko‘rk berib turadi.

Xujralarning oynalariga o‘rnatilgan ganchdan yasalgan nafis panjaralar binoga oddiylik va xushbichimlik bag‘ishlaydi. Amir To‘ra madrasasi o‘lchamini shu kabi boshqa inshootlar bilan taqqoslasa, uning o‘lchami juda katta ham, juda kichkina ham emas, balki o‘rtachadir.

Binoning asosiy old tomoni hech qanday naqshsiz sakkiz qirrali tokchali portal ko‘rinishida. Bu borada ishonchli ma’lumotlar mavjud — ustalar binoning tashqi qismiga bezak berayotgan vaqt shaharga Qizil Armiya bostirib kiradi. Albatta, bunday sharoitlar ishlashning imkoni bo‘lmagan, shu sababli, bezagi usta bir kun oldin bitirishga ulgurgan koshin toshtaxtalar bilangina chegaralanadi.

Binoni qayta ta’mirlanishi XX  asrning 80-yillarida boshlanib, 90-yillarida yakunlangan. Bugun Amir To‘ra madrasasi Ichan Qal’aning mashhur yodgorliklaridandin.