На северной стороне холма Афрасиаб, рядом с целебным источником, у старой стены находится мавзолей Ходжи Данияра. Согласно легендам, Ходжа-Данияр был сподвижником родственника Пророка Кусам ибн Аббаса в распространении ислама. Также сохранилось предание, что Ходжа Данияр - это коранический и библейский пророк Данияр (Даниил), чьи останки были привезены сюда Амиром Темуром.

Пророк Даниил почитается тремя мировыми религиями. Он один из четырёх великих израильских пророков в иудаизме.
Пророк Даниил был из знатного рода и являлся потомком Царя Соломона. Он жил в 4-5 веке до н.э. При завоевании Навуходоносором Иерусалима в 660 году до Р.Х. юный Даниил вместе с другими иудеями попал в вавилонский плен. Там 15-летнего Даниила и других самых способных юношей определили в школу для подготовки к службе при царском дворе.
После окончания занятий Даниил с тремя друзьями был определен на службу при царском дворе и здесь оставался в звании придворного сановника во все время царствования Навуходоносором и его пяти приемников. После покорения Вавилона он стал советником царей Дария и Кира персидского.
Бог наделил Даниила способностью понимать значение видений и снов, и эту способность он проявил, объяснив Навуходоносору два его сна, которые сильно смутили царя.
Подробностей о деятельности пророка Даниила в течении 7 лет царствования трех приемников Навуходоносора не сохранилось. В своей книге пророк Даниил записал несколько пророческих видений, относящихся к концу мира и ко второму пришествию Христову. По своему содержанию его книга имеет много общего с откровением Евангелиста Иоанна Богослова.

При Дарии Мидийском Даниил занял важный правительственный пост. Завидуя Даниилу, языческие вельможи оклеветали его перед Дарием и добились, чтобы Даниила бросили на съедение львам. Но Бог сохранил пророка невредимым. Разобрав дело, Дарий повелел клеветников Даниила повергнуть этой же казни, и львы моментально растерзали их. Немного спустя Даниил получил откровение о 70 седьминах, в котором указано время первого пришествия Мессии и основания его Царства.

В царствовании Кира Даниил остался в том же придворном звании. Не без его участия в 536 году царь Кир издал указ об освобождении евреев из плена. Согласно преданию пророк Даниил показал Киру предсказание о нем в книге пророка Исании, который жил лет двести до этого. Пораженный этим пророчеством, царь признал над собою власть Иеговы и повелел евреям построить в честь него храм в Иерусалиме. При этом царь был снова спасен от смерти, которая ему угрожала за умерщвление дракона, обоготворявшегося язычниками.
В третий год царствования Кира в Вавилоне Даниил удостоился получить откровение о дальнейшей судьбе народа Божия и четырех языческих империй. Его пророческая книга состоит из 14 глав.

История указывает на два места захоронения Святого Даниила - сам Вавилон и город Сузы (в настоящее время город Шустер). Считается, что Тимур перевёз часть останков Даниила, а именно его руку, в Самарканд. Согласно преданию, лошадь, перевозившая останки, остановилась на этом месте и не желала двигаться дальше. От удара ее копыта вдруг забил целебный родник. Тогда Темур отдал приказ захоронить мощи святого именно здесь. Затем спустя годы могила вдруг начала расти, достигнув в длину 17 метров. В связи с этим в прошлом его гробница периодически достраивалась и удлинялась, в начале XX в. над святым погребением был сооружен мавзолей с цепочкой куполов.

По другой версии, в конце XIV века в течение 7 лет Амир Темур не мог завоевать город Масул (в Иране - Сузы). И тогда ему сказали, что там захоронен Святой Даниил (603-531 гг. до н.э.). В Самарканде в то время были застойные времена (у народа были деньги, но на них нечего было купить). Темуру сказали: там, где захоронен Святой Даниил, все и всегда будет в изобилии. Тамерлан решил поклониться Святому Даниилу и взять у него благословение, чтобы перевезти его прах в Самарканд. После чего он завоевал город Масул, погрузил прах Святого Даниила на верблюда и решил: где остановится верблюд, там его прах и захоронит. Верблюд остановился у реки оби Рахмат (в городище Афросиаб).

Также ходит легенда, что правую сторону Святого Даниила Темур привез в Самарканд, в левая осталась в Масуле.

Над местом захоронения был построен прекрасный по своей красоте Мавзолей, который перестроили в начале XX века. Рядом с Мавзолеем расположен водный источник с невероятно вкусной водой, которая является святой и каждый, кто захочет ступить к мавзолею, должен испить этой воды и омыть открытые места. Говорят, чтовода из этого источника исцеляет не только тело, но и душу. За этой водой люди приезжают со всей Средней Азии. Само место просто покоряет своим покоем и красотой, особенно в тёплое время года, когда здесь много зелени и в нескольких метрах от источника по реке Сиаб плавают лебеди.
Место является объектом паломничества, как местных жителей, так и приезжающих со всего мира. В 1996 году, прибывший в Самарканд, Патриарх Всея Руси Алексий II навестил Мавзолей и освятил его. Говорят, что после освящения, близ Мавзолея снова зацвело фисташковое дерево, считавшееся засохшим. Как говорят местные жители можно загадать желания и завязать ленточку на этом древе и оно обязательно сбудется.

Любопытный факт - многие паломники, прибывшие в это, святое для ортодоксальных религий, место, используют зороастрийские традиции - обращаются с молитвой к останкам Святого и повязывают тряпочки на растущие рядом деревья.

На сегодняшний день Мавзолей Пророка Даниила, помимо Самарканда, можно встретить в Мосуле (Ирак), Иерусалиме (Израиль), Сузах (Израиль), Стамбуле (Турция).