В 1630-1635 годах Нодир Диванбеги - главный визирь Бухарского эмира Имамкулихана, в нескольких километрах к югу от Самарканда, по соседству с «дахмой» (захоронением) Ходжа Ахрора Вали, построил медресе. Медресе, которое получило название медресе Нодира Диванбеги, было построено в честь видного деятеля ордена Накшбандия, знаменитого шейха Ходжа Ахрора Вали. Ходжа Ахрар, глава суфийского ордена Накшбандия («суфизм» – мистическое направление в исламе), уроженец горного селения Богистан в Ташкентской области. Ходжа Ахрар впервые посетил Самарканд в 1426 году на 22 году жизни, а окончательно переселился в Самарканд в 1451 г., уже после смерти Улугбека, в период правления Абу Сайида, одного из представителей династии Темуридов. При его воспитаннике царевиче Ахмаде, он достиг практически неограниченной власти и стал фактическим правителем Самарканда и самым богатым землевладельцем в государстве.

Великий средневековый поэт Джами называл его «Ходжа Ходжей», «Человек осознающий сущность предмета». «Перед его святостью, внешним видом и силой духа, люди падали ниц». Его девизом было: «для полного исполнения своей духовной миссии в мире необходимо использовать политическую власть». Этот девиз определил всю дальнейшую социальную и политическую деятельность ордена «накшбандия». Одним из титулов Ходжа Ахрара был «Хазрат-и Имам» (святой Имам). От него пошли 3 главные ветви учения «накшбандия»: Центрально-Азиатская, Западно-Турецкая и Индийская.

Умер Ходжа Ахрар в 1490 году и был захоронен в дахме с беломраморной резной надгробной стелой близ своего поместья. К кладбищу примыкал огражденный двор с восьмигранным хаузом (прудом), в водах которого отражались росписи айванов мечети и минарета. Позднее вокруг могилы Ходжа Ахрара со временем оформилось священное кладбище.

Строительство медресе Нодиром Диванбеги именно на этом месте говорит о большом уважении и почитании Ходжа Ахрора Вали. Очень часто медресе из-за своего месторасположения называли Сари мазор («начало кладбища») или медресе Ходжа Ахрора Вали.

При строительстве этого здания некоторые элементы планировки были позаимствованы у медресе Шердор на площади Регистан в Самарканде. Изображение тигров на портале, только без солнца, выложенные мозаикой, дали медресе второе название - "Шердори берун" (т.е. внешний (загородный) Шердор").

Памятник дошел до нашего времени в сильно разрушенном виде, наружный портал его накренился на один метр и грозил упасть, кровля и своды растрескались, облицовка в верхней части входного восточного портала исчезла в ходе ремонта в начале XX в.В 80-х годах ХХ века народный мастер Абдугаффор Хаккулов начал реставрационные работы в медресе, которые продолжились в годы независимости.

Для восстановления внешнего вида медресе были изучены множество архивных материалов, в частности, труд самаркандского ученого XIX в. Абутахир Ходжи "Самария", а также несколько фотографий медресе Надир Диванбеги, сделанных еще в 1870 г. и хранящихся в фондах Санкт-Петербургского Эрмитажа. Была среди них и фотография входного восточного портала, на тимпане которого различимы фрагменты сцены охоты со львами и оленями. Также, по свидетельству профессора П. Захидова, заставшего памятник ещё не разрушенным, "на портале этого медресе имелись изображения двух львов и двух оленей, исполненные в технике резной мозаики".

Тщательное, кропотливое изучение архивных документов, старых черно-белых фотографии прошлого и позапрошлого веков, моделирование по фрагментам, позволили реставраторам полностью восстановить здание и облицовку медресе Надир Диванбеги, которое предстаёт сейчас перед туристами и паломниками в своём первозданном виде.