Fayzabod xonaqohi 1598-1599 yillarda mashhur sufiy Mavlono Poyanda-Muhammad Axsi Fayzobod tomonidan qurdirilgan. Qurilishdan ikki yildan so‘ng, 1601 yilda vafot etgan. Masjid har kunlik besh mahal, juma va jamoat namozlari uchun mo‘ljallangan. Shuningdek, masjid sufiylarning diniy marosimlarni o‘tkazish va darveshlarning vaqtinchalik turar joyi bo‘lib xizmat qilgan.

Ushbu bino o‘z zamonasining ajoyib ijodlaridan biri hisoblangan. Uning katta, baland, yorug‘ xonasi saroylardan qolishmaydi. Binoning barcha arxitekturasi nafislik va jozibadorlik bilan ishlangan. Masjidning kompozitsiyasi tantanali. Markaziy ayvonga ikkala tomondan arka-gumbazli galereya birlashgan. Mehrob ortida uch qavatda darvishlarning vaqtincha turishlari uchun xujralar joylashgan. Ichkari gumbaz ikki xil rangli "chaspak" texnikasi asosida ganj o‘ymakorligida  bezatilgan.